Συγγενείς ασθένειες μπορούν  επίσης να επηρεάσουν τη νεφρική λειτουργία. Αυτές συνήθως περιλαμβάνουν προβλήματα που εμφανίζει το ουροποιητικό σύστημα, όταν ακόμα το κύημα αναπτύσσεται στη μήτρα της μητέρας του. Ένα από τα συχνότερα προβλήματα συμβαίνει όταν ο μηχανισμός-βαλβίδα μεταξύ του ουρητήρα και της ουροδόχου κύστης αποτυγχάνει να λειτουργήσει σωστά και επιτρέπει στα ούρα να παλινδρομούν πίσω στους νεφρούς, προκαλώντας συχνές και υποτροπιάζουσες λοιμώξεις και κατ’ επέκταση πιθανή βλάβη στη λειτουργία των νεφρών με το πέρασμα του χρόνου. Αν οι ανατομικές αυτές διαταραχές επιμένουν και δημιουργούν προβλήματα με τον καιρό, είναι συνετό να αντιμετωπίζονται εγκαίρως σε νεαρή ηλικία, πριν το παιδί προλάβει να αποκτήσει κάποια μη αναστρέψιμη νεφρική βλάβη.